4 июня 1999 года под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II состоялось очередное заседание Священного Синода Русской Православной Церкви.
В заседании Священного Синода 4 июня под председательством Патриарха Алексия:
СЛУШАЛИ:
Доклад Патриарха Московского и всея Руси Алексия о кончине Предстоятеля Японской Автономной Православной Церкви Высокопреосвященного Архиепископа Токийского, Митрополита всей Японии Феодосия и состоявшемся 13 мая сего года отпевании почившего.
ПОСТАНОВИЛИ:
1. Вознести моление ко Господу о упокоении в селениях праведных Предстоятеля Японской Автономной Православной Церкви Высокопреосвященного Архиепископа Токийского Феодосия, Митрополита всей Японии.
2. Выразить соболезнование клиру и пастве овдовевшей Японской Православной Церкви в связи с постигшей их утратой.
3. Управление Японской Автономной Православной Церковью до соборного избрания нового Предстоятеля принимает на себя Патриарх Московский и всея Руси Алексий.
4. Епископу Читинскому и Забайкальскому Иннокентию поручается от имени Патриарха Московского и всея Руси осуществлять архипастырское попечение о приходах Японской Автономной Православной Церкви и совершать в них богослужения до вступления в управление Церковью ее нового Предстоятеля.